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讨论改历
汉武帝太初元年（前104年），汉朝自建立以来已经102年了。汉室建立之初，诸事草创，大部分都沿袭了秦朝的制作。历法则采用了较为贴近的《颛顼历》。尽管如此，《颛顼历》对朔、晦的计算亦与实际情况相异。[41]于是时任太史令的司马迁和大中大夫公孙卿以及壶遂等人向汉武帝进言说：“《颛顼历》已经不适合现·在的情况了，因该重新定制历法。”。而御史大夫儿宽恰好懂得经学，汉武帝便命令儿宽去与众博士商议修改历法等事情[42]。并于同年，命令公孙卿、壶遂、司马迁、侍郎尊、大典星射姓等人讨论定制《汉历》。[43]
遭受腐刑
汉武帝天汉二年（前99年），武帝想让李陵为出酒泉击匈奴右贤王的贰师将军李广利护送辎重。李陵谢绝，并自请步兵五千涉单于庭以寡击众，武帝赞赏李陵的勇气并答应了他。[44]然而，李陵行至浚稽山时却遭遇匈奴单于之兵，路博德援兵不到，匈奴之兵却越聚越多，粮尽矢绝之后，李陵最终降敌。[45]武帝愤怒，群臣皆声讨李陵的罪过，唯有司马迁说：“李陵侍奉亲人孝敬，与士人有信，一向怀着报国之心。他只领了五千步兵，吸引了匈奴全部的力量，杀敌一万多，虽然战败降敌，其功可以抵过，我看李陵并非真心降敌，他是活下来想找机会回报汉朝的。”[46]然而，随着公孙敖迎李陵未功，谎报李陵为匈奴练兵以期反击汉朝之后，武帝族了李陵家[47]，而司马迁也以“欲沮贰师，为陵游说”被定为诬罔罪名。诬罔之罪为大不敬之罪，按律当斩。[48]
面对大辟之刑，慕义而死，虽名节可保，然书未成，名未立，这一死如九牛亡一毛，与蝼蚁之死无异。[49]想到文王拘于囚室而推演《周易》，仲尼困厄之时著作《春秋》，屈原放逐才赋有《离骚》，左丘失明乃有《国语》，孙膑遭膑脚之刑后修兵法，吕不韦被贬属地才有《吕氏春秋》传世，韩非被囚秦国，作《说难》和《孤愤》，《诗》三百篇，大概都是贤士圣人发泄愤懑而作。[50]终于，在那个“臧获婢妾犹能引决”的时代，司马迁毅然选择了以腐刑赎身死。至此，司马迁背负着父亲穷尽一生也未能完成的理想，面对极刑而无怯色。[51]在坚忍与屈辱中，完成那个属于太史公的使命。
史记得传
司马迁有一个女儿嫁给杨敞。杨敞在汉昭帝刘弗陵时期，曾官至宰相。杨敞有两个儿子，也就是司马迁的女儿给杨家生的两个儿子，大儿子杨忠，小儿子杨恽。杨恽自幼聪颖好学，他的母亲把自己珍藏着的并且深爱着的《史记》，拿出来给他阅读。杨恽初读此书，便被书中的内容吸引住了，爱不释手，一字字、一篇篇，非常用心地把它读完。杨恽成年之后，还把它读了好几遍，每读一遍总是热泪盈眶，扼腕叹息。在汉宣帝的时候，杨恽被封为平通侯，这时候他看到当时朝政清明，想到他的外祖父司马迁这部巨著正是重见天日的时候，于是上书汉宣帝，把《史记》献了出来，从此天下人得以共读这部伟大的史著。[52]
主要成就编辑
文史
公元前91年（征和二年），《史记》全书完成。[53]全书130篇，五十二万六千五百余字，包括十二本纪、三十世家、七十列传、十表、八书，对后世的影响极为巨大，被称为“实录、信史”，被鲁迅先生誉为“史家之绝唱，无韵之离骚”，列为前“四史”之首，与《资治通鉴》并称为“史学双璧”。
思想
司马迁借老子之口说出了被他改造过和发展了的至治理想。保留了道法自然的内核，有意识地剔除了反映原始社会“小国寡人”和奴隶社会“使民”如何的思想，体现了深得道家精髓的“与时迁移”思想。其核心是天道自然，要旨是人民的足欲。
日月的蚀食及其向南向北的运行，都有一定的速度和周期，这是星象学所要依据的最基本的数据。而星空中的紫宫星垣和东西南北四宫星宿及其所属的众多星辰，都是位置不变的，它们的大小程度和相互向的距离也是一定不变的，它们的分布排列象征着天上五官的位置。这是星象学中作为‘经’亦即不变的依据。而水、火、金、木、土星则是上天的五位辅住，它们的出现隐伏也有一定的时间和周期，但其运行速度快慢不均。这是天文学中的‘纬’亦即经紫变动的部分。把这些固定的和变动的两种星象结合起来，就可以预测人事的变化了。”[55]
名言
三晋多权变之士，夫言纵横强秦。
君子疾没世而名不称焉。
貌言华也，圣言实也，苦言药也，甘言疾也。
高山仰止，景行行之，虽不能至，心向往之。
盖锺子期死，伯牙终身不复鼓琴。何则？士为知己者死，女为悦己者容。
古者富贵而名磨灭，不可胜记，唯倜傥非常之人称焉。
仓廪实而知礼节，衣食足而知荣辱。
浴不必江海，要之去垢；马不必骐骥，要之善走。
善者因之，其次利导之，其次教诲之，其次整齐之，最下者与之争。
扬雄在《法言》一书中写道：“太史迁，曰实录”。“子长多爱，爱奇也。”杨雄是赞扬司马迁实录精神的第一人。他提出的实录与爱奇，为历人者所赞同，直到现在。
班固是汉代系统评论司马迁的第一人。《汉书》中有《司马迁传》。班固在赞语中说：“自刘向、杨雄博极群书，皆称迁有良史之材，服其状况序事理，辩而不华，质而不俚，其文直、其事核，不虚美、不隐恶，故谓之实录。”说司马迁“不虚美、不隐恶”，可谓一语中的，世称其当，后人皆服。司马迁的“实录”精神已成为中国史学的优良传统。
唐代
韩愈十分推崇司马迁的文学才华。他说：“汉朝人莫不能文，独司马相如、太史公、刘向、杨雄之为最。”他认为司马迁作品的风格是“雄深雅健”。《史记》成为韩愈作文的样本。
柳宗元认为《史记》文章写得朴素凝炼、简洁利落，无枝蔓之疾；浑然天成、滴水不漏，增一字不容；遣词造句，煞费苦心，减一字不能宋人赞司马迁，其著名者为马存赞司马迁的壮游和郑樵赞司马迁的五体结构。